ธงทองชี้พระราชทานอภัยโทษไม่ใช่การกลับคำพิพากษา
โดยผู้ที่ถวายฎีกาจะอ้างถึงคุณงามความดีในอดีตหรือการเจ็บป่วยทุกข์ยากต่าง ๆ โดยกรมราชทัณฑ์จะทำหน้าที่รวบรวมและนำเสนอฎีกาของผู้ต้องขังให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมได้ประมวลเรื่อง และทำความเห็นประกอบฎีกาต่าง ๆ ก่อนนำขึ้นกราบบังคมทูลเพื่อทรงมีพระราชวินิจฉัยตราพระราชกฤษฎีกาอภัยโทษ โดยทุกครั้งที่เปลี่ยนรมว.ยุติธรรม สำนักพระราชวังจะส่งเรื่องการถวายฎีกากลับมาให้กระทรวงยุติธรรมพิจารณาความเห็นประกอบเกี่ยวกับการถวายฎีกาอีกครั้ง
ในทางจารีตประเพณีนอกเหนือจากการอภัยโทษทางอาญาแล้ว ยังมีการอภัยโทษทางวินัยและโทษทางแพ่งด้วย อย่างไรก็ตาม ในระบอบประชาธิปไตยพระมหากษัตริย์ทรงมีพระราชอำนาจค่อนข้างจำกัด ทรงปกเกล้าไม่ได้ทรงปกครอง แม้การพระราชทานอภัยโทษเป็นพระราชอำนาจ แต่อยากฝากข้อคิดว่า การเมืองควรแก้ปัญหาด้วยการเมือง การทำให้การเมืองเข้าไปเกี่ยวข้องพัวพันกับพระราชอำนาจของพระมหากษัตริย์ สมควรต้องตรึกตรองด้วยความรอบคอบ เพราะในหลายประเด็นพระมหากษัตริย์ไม่สามารถชี้แจงหรือปกป้องตัวเองได้ ดังนั้นไม่ว่าจะเป็นเหตุการณ์นี้หรือเหตุการณ์ใด พยายามอย่าให้พระมหากษัตริย์ต้องมาเกี่ยวข้องกับการเมือง ซึ่งเป็นหน้าที่ของคนไทยที่ต้องช่วยกันคิด