เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2563 ที่ผ่านมานายนิรุฒ มณีพันธ์ ผู้ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทย เปิดเผยว่าราชกิจจานุเบกษาเผยแพร่ข้อกำหนดออกตามความในมาตรา 9 แห่งพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 (ฉบับที่ 5) ข้อ 5 ลงวันที่ 1 พฤษภาคม 2563 มีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 3 พฤษภาคม 2563 เป็นต้นไป ให้ประชาชนงดหรือชะลอการเดินทางข้ามเขตพื้นที่จังหวัดเว้นแต่มีความจำเป็น ซึ่งต้องแสดงเหตุผลและหลักฐานต่อพนักงานเจ้าหน้าที่ทั้งต้องรับการตรวจคัดกรองและต้องปฏิบัติตามมาตรการป้องกันโรคตามที่ทางราชการกำหนด อันอาจทำให้การเดินทางต้องใช้เวลาเดินทางมากกว่าปกติและไม่ได้รับความสะดวกในการเดินทาง
ดังนั้นเพื่อให้เป็นการสนองต่อมาตรการของรัฐบาล ทางการรถไฟแห่งประเทศไทยจึงได้มีการปรับเปลี่ยนแผนการเดินรถ โดยจะงดให้บริการขบวนรถโดยสารเชิงพาณิชย์ ขบวนรถเร็ว และขบวนรถโดยสารเชิงสังคม ขบวนรถธรรมดาและขบวนรถท้องถิ่น จำนวน 14 ขบวน ที่มีต้นทางปลายทางข้ามเขตจังหวัดทั้งหมด ดังนี้
1. ขบวนรถเร็วที่ 135 (กรุงเทพ – อุบลราชธานี)
2. ขบวนรถเร็วที่ 136 (อุบลราชธานี – กรุงเทพ)
3. ขบวนรถธรรมดาที่ 201 (กรุงเทพ – พิษณุโลก)
4. ขบวนรถธรรมดาที่ 202 (พิษณุโลก – กรุงเทพ)
5. ขบวนรถธรรมดาที่ 257 (ธนบุรี – น้ำตก)
6. ขบวนรถธรรมดาที่ 258 (น้ำตก – ธนบุรี)
7. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 415 (นครราชสีมา – หนองคาย)
8. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 418 (หนองคาย – นครราชสีมา)
9. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 421 (นครราชสีมา – อุบลราชธานี)
10. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 426 (อุบลราชธานี – นครราชสีมา)
11. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 439 (ชุมทางแก่งคอย – ชุมทางบัวใหญ่
12. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 440 (ชุมทางบัวใหญ่ – ชุมทางแก่งคอย)
13. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 489 (คีรีรัฐนิคม – สุราษฎร์ธานี)
14. ขบวนรถท้องถิ่นที่ 490 (สุราษฎร์ธานี – คีรีรัฐนิคม)